眞名井神社は、丹後一宮・元伊勢籠神社(もといせこのじんじゃ)の奥宮。元伊勢籠神社から北に500mくらい離れた位置に鎮座している。
社殿の裏に2つの磐座(いわくら)がある。眞名井神社の磐座は古代の祭祀場で、約2500年前からそのままの形で祀られている。
2つの磐座は、それぞれ磐座主座、磐座西座と呼ばれる。磐座主座の御祭神は、豊受大神(とようけおおかみ)で、五穀豊穣・衣食住守護・諸業繁栄御神徳がある。磐座西座の御祭神は、天照大神(あまてらすおおかみ)などで、縁結び・夫婦和合・家内安全・延命長寿に御神徳がある。
伊勢神宮外宮の旧鎮座地は丹波国であったという古い伝承がある。その比定地には諸説があるが、眞名井神社の周辺はその候補のひとつである。
境内には「天の眞名井の水」が湧き出る。眞名井の水は御霊水とされ、この水を汲みに訪れる人も多い。